In alcuni casi, invece del collegamento tramite file (mono o bidirezionale), l’acquisizione dati dagli strumenti avviene utilizzando Protocolli di Comunicazione Specifici, sia in modalità monodirezionale (si pensi, ad esempio, alla gestione delle pesate dalla Bilance) , sia bidirezionale, in particolare nei Laboratori che si occupano di Analisi Cliniche.
L’Acquisizione dati, in tal caso, avviene in continuo ed è il LIMS, attraverso un apposito software di interfaccia, ad adeguarsi a tali protocolli.
Sono stati realizzati, ad esempio, collegamenti per Strumenti Roche, Biomérieux, Instrumetation Laboratory, …